Jednostka Badawcza DPL – Laboratorium Genetyczne
Laboratorium Genetyczne Śląskiego Parku Technologii Medycznych Kardio-Meda Silesia w Zabrzu stanowi wysokospecjalistyczną pracownię, wyposażoną w urządzenia, które umożliwiają prowadzenie badań in vitro z zakresu genomiki oraz transkryptomiki. Laboratorium dysponuje komorą PCR oraz komora laminarna 2 klasy bezpieczeństwa biologicznego (ang. biosafety level 2, BSL-2) umożliwiająca sterylną i bezpieczną pracę z materiałem genetycznym.
Wyposażenie laboratorium
Specjalistyczny sprzęt Laboratorium Genetyki umożliwia wykonanie podstawowych oraz bardziej zaawansowanych analiz z zakresu biologii molekularnej.
Laboratorium Genetyki Śląskiego Parku Technologii Medycznych Kardio-Med Silesia dysponuje takimi sprzętami jak:
Urządzenie do automatycznej izolacji kwasów nukleinowych MagCore® HF16 (RBC Bioscience)
Urządzenie umożliwia sprawną izolację kwasów nukleinowych z różnorodnych próbek (komórki oraz tkanki zwierzęce i roślinne) z zastosowaniem techniki oczyszczania na kulkach magnetycznych pokrytych celulozą. Aparat umożliwia izolację materiału z 1 do 16 próbek w ciągu jednej rundy izolacji. Urządzenie posiada certyfikacje CE IVD.
Bioanalizator Qsep 100 (BiOptic)
System do automatycznej elektroforezy kapilarnej kwasu deoksyrybonukleinowego (ang. deoxyribonucleic acid, DNA) oraz kwasu rybonukleinowego (ang. ribonucleic acid, RNA)
z zastosowaniem wkładów z żelem oraz barwnikiem fluorescencyjnym. Analizator umożliwia weryfikację stopnia degradacji materiału genetycznego, przeprowadzenie analizy restrykcyjnej DNA oraz przeprowadzenie analizy produktów amplifikacji DNA. W Laboratorium Genetycznym Śląskiego Parku Technologii Medycznych Kardio-Med Silesia sprzęt wykorzystywany jest głównie do oceny ilościowej i jakościowej bibliotek przygotowywanych do przeprowadzenia sekwencjonowania nowej generacji (ang. next generation sequencing, NGS).
Termocykler Veriti™ Dx (Applied Biosystems)
Urządzenie umożliwia amplifikację DNA metodą łańcuchowej reakcji polimerazy (ang. polymerase chain reaction, PCR). Laboratorium Genetycze Śląskiego Parku Technologii Kardio-Med Silesia wykorzystuje tą jakościową metodę analizy głównie do przygotowania bibliotek do sekwencjonowania NGS. Urządzenie posiada certyfikacje CE IVD.
Sekwenator NGS MiSeq (Illumina)
Umożliwia prowadzenie masowego sekwencjonowania przygotowanych fragmentów DNA. Sprzęt dostępny w Laboratorium Genetycznym Śląskiego Parku Technologii Kardio-Med Silesia umożliwia przeprowadzenie następujących analiz: resekwencjonowania celowanego, resekwencjonowania RNA (RNA-seq, Small RNA), przeprowadzenie analizy celowanej ekspresji genów, sekwencjonowania małych genomów (bakterii, drożdży, wirusów)
lub plazmidów, sekwencjonowania amplikonów, a także przeprowadzenie analiz metagenomicznych.
Termocyklery do ilościowego PCR (ang. quantitative PCR, qPCR) Cobas Z480 (Roche), QuantStudio™ 6 (Applied Biosystems)
Umożliwiają przeprowadzenie analiz ilościowych oraz jakościowych z zastosowaniem pomiaru fluorescencji w czasie rzeczywistym (ang. real-time PCR). Przeprowadzenie specyficznej oraz powtarzalnej analizy jest możliwe dzięki zastosowaniu barwników interkalujących lub sond molekularnych. Metoda ta wykorzystywana jest między innymi do oceny aktywności transkrypcyjnej wybranych genów w dwóch projektach naukowych prowadzonych w naszym ośrodku. Urządzenie Cobas Z480 posiada certyfikacje CE IVD.
Badania personalizowane:
- sekwencjonowanie celowane
- sekwencjonowanie małych genomów (bakterii, drożdży, wirusów)
- analizy metagenomiczne
- analiza HLA
- badanie ekspresji genów
- oznaczanie genotypów polimorfizmów pojedynczego nukleotydu (ang. single nucleotide polymorphisms, SNPs) metodą qPCR
- oznaczenie polimorfizmów SNP z zastosowaniem techniki PCR z trawieniem restrykcyjnym (ang. restriction fragments length polymorphism PCR, PCR-RFLP)
